矢神翼咲は、1人暮らしをしている女子学生。
両親を亡くした後、姉の紗羽と2人で暮らしていたのだが、
紗羽が全寮制の男子校・私立煌正学園へ教師として赴任することが決まり、別々で暮らすことになってしまう。

離れていてもお互い上手くやっていけると思っていたのだが……。
ある日、紗羽との連絡が急に途絶えてしまう。
失踪届を出し、学園にもいろいろ問い合わせてみるがなかなか捜索は進まない。

親友の水守惺と共に自分たちでも紗羽を捜していると、2人は煌正学園についての悪い噂を多く目にしてしまう。

ネット上の根も葉もない噂……とは言い切れないような内容を読んだ翼咲は、
このままでは紗羽の失踪も闇に葬られるのでは？ と危機感を覚える。

いっそ学園に転入して自分で調べればいいのでは？ と思い付くが、それには1つ大きな問題があった。
それは、煌正学園は「男子校」で翼咲は「女の子」ということ。

そこで翼咲は「男装して男子として転入する」という方法を実行することに。
無謀にも思えたが、惺の協力もあり、男子学生・矢川翼として転入に成功する。

独自の捜索を続ける中、紗羽の親友である美術教師・卜部甘那や、
なぜか学園内で姿を見かける女子・柚井乃衣果と出会い、少しずつ真実へと近づいていく。

もう少しで紗羽に辿りつける……と思っていた矢先、とある相手に翼咲の正体がバレてしまう。
その相手は、学園の裏の面に深く関わっている男で、弱みを握られた翼咲は言われるまま……。

果たして、翼咲は紗羽と再会することができるのか？
それとも、男の園の中で身も心も堕とされてしまうのか……。